W grudniu 1991 r. metropolita katowicki wyraził zgodę na utworzenie w Tychach placówki zakonnej, ale z podjęciem duszpasterstwa parafialnego. Usytuowaniem miejsca pod ośrodek duszpasterski, za sugestią Prezydenta Miasta i zgodą metropolity, był „Dom Harcerza”, należący do parafii św. Marii Magdaleny, mieszczący się przy ulicy Paprocańskiej nr 90 oraz dzierżawa działki przyznanej 18.01.1995 r. na postawienie tymczasowej kaplicy przez Radę Miejską. Pismo metropolity zalecające zorganizowanie parafii i utworzenie punktu sakralnego pochodzi z 25.08.1995 r. Od „Pasterki” 1995 r. w przygotowanej tymczasowej kaplicy zaczęto regularnie odprawiać msze święte.
Poświęcenie tymczasowej kaplicy i klasztoru przy ulicy Paprocańskiej nr 90 przez ks. arcybiskupa Damiana Zimonia nastąpiło 23.04.1996 r. Dekret ustanawiający parafię tymczasową św. Franciszka i św. Klary z tymczasową kaplicą jest datowany na dzień 16.05.1996 r. Kanoniczne erygowanie domu zakonnego przez prowincjała nastąpiło 10.12.1998 r.
W maju 1999 r., za zgodą metropolity, postanowiono zmienić miejsce budowy kościoła. Nowa lokalizacja jest usytuowana przy rozwidleniu ulic Paprocańskiej i Przemysłowej na działce, którą dotychczasowi właściciele przepisali parafii 11.06.1999 r. Zaraz po tym wydarzeniu w Gliwicach podczas spotkania z Ojcem Świętym Janem Pawłem II został poświęcony kamień węgielny pod nowy kościół. Poświęcenia placu budowy dokonał ks. biskup Stefan Cichy w dniu 04.10.1999 r. W tym samym roku na placu budowy zorganizowano Żywą Szopkę. Pomysłodawcą był architekt mgr inż. Stanisław Niemczyk. Do dnia dzisiejszego na przełomie grudnia i stycznia (z kilkuletnią przerwą) organizowana jest szopka bożonarodzeniowa z żywym zwierzętami. Atrakcją spotkań jest wspólne kolędowanie. Podczas ostatniej pielgrzymki papieża Jana Pawła II do Polski w dniu 18.08.2002 r. na Błoniach w Krakowie został poświęcony pamiątkowy kamień do kaplicy Miłosierdzia Bożego.
Dnia 4.05.2025 r. minęła 25 rocznica rozpoczęcia budowy kościoła i klasztoru. Rozpoczął się zatem 25 rok budowy tej świątyni. Klasztor w Tychach należy do jednej z 5 prowincji franciszkańskich w Polsce, dlatego ważne decyzje związane np. z poświęceniem nowego kościoła, zapadają w Kurii Prowincjalnej.
Dnia 16.05.2021 r. parafia obchodziła 25-lecie istnienia. Uroczystościom przewodniczył ks. Abp Wiktor Skworc, metropolita katowicki.
Od października 2023 roku budowniczym kościoła został o. Robert Makulski.
Po śmierci Stanisława Niemczyka w V 2019 r. architektem został Robert Wojtecki.
W 2026 roku nasza parafia będzie przeżywała 30 rocznicę erygowania parafii. Główne uroczystości zostały zaplanowane na niedzielę
17 maja 2026 r. W zamyśle jest również Fesrtyn Parafialny zaplanowany na 7 czerwca 2026 r.
Warto też zaznaczyć, że 4 października 2026 r. minie 800 lat od śmierci naszego Zakonodawcy - św. Franciszka z Asyżu.